علامه سید بحرالعلوم تقریبا به مدت دو سال به مکه معظمه مهاجرت و رحل اقامت افکند.
در مدتی که در آنجا سکونت داشت تقیه شدیدی می نمود تا جایی که برای مذاهب
چهارگانه تدریس می کرد و هر کدام خیال می کردند که او معتقد و پایبند به مذهب ایشان
است. و به این طریق تا توانست وظایفی را که از طرف حضرت به ایشان می رسید را
به انجام برساند.
یکی از علمای اهل معنا می فرمود: سید بحرالعلوم به امر ولی عصر علیه السلام به مدت
دوسال در مکه معظمه توقف نموده تا جایگاه اعمال حج و مشاعر و مواقف را تعیین و
تثبیت کند.
جناب سید از جهت قداست و طهارت روحی که داشته اند مرتب مفتخر به چنین
مأموریت هایی از طرف آن حضرت می شدند.
چنانکه در کتاب«ماضی النجف و حاضرها» آمده است:
از کارهای سید مهدی بحرالعلوم مشخص کردن مقام و جایگاه امام زمان علیه السلام
در مسجد سهله می باشد که تعیین این مکان بعد از تشرف ایشان به محضر مقدس
حضرت ولی عصر سلام الله علیه بوده است.
دلیل گماردن سید به این مأموریت این است که چون مناسک حج و احرام باید دقیق
و صحیح باشد تا حاجی بتواند به طور صحیح از احرام خارج شود و حجش طبق احکام
صحیح انجام شود، و تا قبل از سید بحرالعلوم جایگاه دقیق این اماکن مشخص نبود و
برای اینکه حجاج بتوانند بر طبق مذهب اهل بیت سلام الله علیهم اجمعین انجام دهند
به مدت دوسال مأمور می شوند در مکه اقامت کرده و این وظیفه خطیر را به اتمام برساند
.سید در این مدت زحمات وصدمات زیادی را متحمل شد تا اینکه توانست آنچه مولایش
دستور داده بود به بهترین شکل به انجام برساند.
او توانست این صدقه جاریه را به نام خود ثبت کند به طوری که تا این زمان نیز ادامه دارد.